Bio-Informatique (BIM)

Le parcours Bio-informatique BIM a pour objectif de former des étudiants ayant une formation initiale en biologie et/ou bio-informatique aux approches de bio-informatique, d'analyse de données de grande dimension, et de modélisation, notamment pour des applications dans les domaines des Omiques et de l'Imagerie. Ces compétences leur permettront d’analyser, interpréter, modéliser et gérer les données numériques massives en sciences de la vie, quel que soit le champ d’application envisagé (génétique, écologie, neurologie, médecine...). Les diplômés de la formation pourront donc relever les défis actuels et futurs de la R&D à l’interface entre sciences de la vie, informatique et data science.
Bio-Informatique (BIM)

BIM_logo

Profil du candidat au Master Sciences du Vivant Parcours BIM Bio-Informatique

Le parcours Bioinformatique BIM du Master Sciences du Vivant de l'Université de Nice-Sophia Antipolis est destiné aux étudiants ayant une solide formation en biologie. Une première approche de la programmation, par exemple au sein d'un cursus précédent à visée multidisciplinaire (comme le Parcours BIM de la L3 de l'Université de Nice-Sophia Antipolis) est un bonus indéniable. Le parcours  est ouvert aux étudiants néophytes en programmation ayant un fort attrait pour l'informatique avec un programme adapté.

Candidature (Master SV)

Objectif du Parcours BIM 

Les étudiants du Master Parcours BIM pourront acquérir les compétences en biologie (Omiques, Imagerie, Biologie structurale), en mathématiques (Statistiques, Fouilles de données, Modélisation) et en informatique (Programmation, Bases de données, Conception Objet) qui leur permettront de s'adapter pour relever les fis actuels et futurs de recherche et développement : gérer, interpréter et modéliser les nombreuses données numériques en sciences de la vie.

Organisation du Parcours BIM

Plaquette du Parcours BIM (Bioinformatique)

Les enseignements des UE spécifiques aux étudiants du Master Sciences du vivant et du Diplôme d'Etabllissement (DE) BOOST auront lieu sur le campus de la faculté des sciences au Parc Valrose à Nice.

Les enseignements des UE d'informatique du Département Informatique et les cours de Big Data du Diplôme d'Etabllissement (DE) Data Science auront lieu sur le campus SophiaTech à Sophia-Antipolis.

Plaquette BIM JPEG

Contenu de l'enseignement du Parcours BIM

Biologie / Bioinformatique : Technologies Omiques et analyses de données omiques, Biologie structurale et Modélisation moléculaire, Modélisation de réseaux biologiques, UE choisies pour la coloration du parcours

Imagerie : Traitement d'images scientifiques ; Techniques d'imagerie en Biologie pour la Recherche et la Médecine ; Life imaging. Ces UE outils seront complétées par des cours/TP dans les modules Biologie en Pratique de M1 et M2.

Mathématiques : Statistiques,  Modélisation, Biologie en pratique. Les UE Biologie en pratique et Modélisation intégreront des parties d'UE du DE Data science concernant le Big Data.

Informatique : Initiation à la Programmation, Programmation et Conception Objet et Java, Bases de données, Les langages utilisés pour les UE Biologie en pratique seront R et Python.

Compétences transversales : Communication scientifique, Anglais scientifique, Démarche qualité, Ethique et sécurité des données.

Les UE Biologie en Pratique de M1 et M2 permettront de mettre en application les connaissances et compétences en Informatique / Mathématiques sur des domaines de la biologie, en particulier en Omiques et en Imagerie.

Coloration du Parcours BIM 

Chaque étudiant pourra colorer son parcours BIM en fonction de son domaine de prédilection en biologie par le choix de certaines UE optionnelles et le choix des sujets de stage en M1 et en M2 en renforçant ainsi ses connaissances et compétences dans ce domaine choisi : génétique moléculaire, signalisation cellulaire, sciences végétales, génétique évolutive, biologie structurale ou imagerie....

Les UE optionnelles à la carte sont choisies parmi les UE du Master Sciences de la vie ou parmi les UE dispensées en langue anglaise du DE Biocontrol Solutions for Plant Health (BOOST).

Stages de M1 et de M2  

Les stages de M1 et de M2 peuvent être effectués dans le périmètre local, national ou international. Voir Organisation des stages sur le site du Master Sciences du Vivant .

Lors des UE Biologie en pratique de premier semestre de M1 et de M2, les étudiants en formation sur les différentes plateformes bioinformatiques de la région pourront se familiariser avec les approches bioinformatiques et les domaines traités dans la région niçoise. 

Des appels à Projets de l'Université Côte d'Azur UCA "stages environnés" permettent de financer des stages multidisciplinaires en binôme afin de favoriser les collaborations entre disciplines :

Actions - 2019 de l’Académie d'excellence 4 « Complexité et diversité du vivant »

Laboratoires d'accueil locaux

La liste des instituts est disponible sur le site du Master Sciences du Vivant .

Insertion Professionnelle 

Les étudiants à la suite du Master Sciences de la vie peuvent s'intégrer dans les projets de recherche ou de développement directement après le Master. 

Type d'emploi : ingénieur d'étude, développeur, biostatisticien, bioanalyste, biomodélisateur 

Lieu : laboratoires publics, centres hospitalo-universitaires, plateformes technologiques, centres de R&D privés 

La poursuite en thèse dans des laboratoires publics ou privés permet d'accéder aux postes de niveau doctorat (phD) comme pour les concours d'ingénieur de recherche, de chercheurs ou enseignants-chercheurs.  

Poursuite d'études en doctorat  

Les étudiants du Parcours BIM ayant un laboratoire d'accueil pour effectuer une thèse dans la région peuvent postuler pour obtenir une allocation de recherche doctorale de l'Université Côte d'Azur attribuées par concours par les écoles doctorales : l'école doctorale des sciences de la vie (ED85) et l'école doctorale de Sciences et Technologies de l'Information et de la Communication (STIC).

D'autres demandes de financements doctoraux peuvent être effectués par les laboratoires d'accueil : allocations ciblées de l'IdEx Université Côte d'Azur, allocations des LabEx (SIGNALIFEUCN@SOPHIA), allocations du Conseil Régional PACA attribuées sur dossier lié au sujet de thèse, financements CIFRE délivrés par l'ANRT pour les sujets communs à une industrie et une équipe de recherche relevant de l'ED  choisie, bourses d'organismes caritatifs (en particulier en santé).

Les doctorants peuvent demander à faire des vacations d'enseignement (64 heures par an dans le cas de la réussite au concours DCCE). Les étudiants doctorants provenant du parcours BIM ayant obtenu une charge d'enseignement à l'Université de Nice Sophia-Antipolis seront intégrés à l'équipe pédagogique "Outils pour la biologie" du département des Sciences de la vie.

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Biologie, Informatique et Mathématiques (BIM):