Contenu et programme

Cette journée vous permettra de connaître et pratiquer les outils, expertises et ressources en analyse d’images que les dernières évolutions de la plateforme rendent accessibles à l’ensemble de la communauté académique locale. Elle sera notamment l’occasion d’ouvrir officiellement l’accès à la base de données d'images mutualisée pour l'ensemble des laboratoires en sciences de la vie d'UCA et d’en présenter les possibilités. This day will allow you to know and practice the tools, expertise and ressources in image analysis that the latest developments of the platform make available to the entire local academic community. After a break-in period, this day will be an opportunity to officially open access to the shared image database for all the life sciences laboratories among UCA and to present its possibilities.

Les inscriptions sont closes

Intervenants et thématique

Le programme comprend des présentations de / The program includes presentations of::

    D. Sage : spécialiste des logiciels libres d'imagerie pour diverses modalités de microscopie, y compris la microscopie super-résolution, la déconvolution, la restauration d'images, le suivi, la segmentation et la quantification d'images. Il est  responsable du développement logiciel du groupe Biomedical Imaging Group (BIG) à l’Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL), en charge à la fois de la coordination du développement logiciel et de la mise en place de l'infrastructure informatique du laboratoire.  Specialist in open source imaging software for various microscopy modalities, including super-resolution microscopy, deconvolution, image restoration, image tracking, segmentation and quantification. He is responsible for software development at the Biomedical Imaging Group (BIG) at the Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL), in charge of both coordinating software development and setting up the laboratory's IT infrastructure.

    Computational Bioimaging - Selected Topics

     Daniel Sage1, Ferréol Soulez2, Zsuzanna Püspoki1, Anaïs Badoual1

    1 Biomedical Imaging Group (BIG), Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne, Switzerland; 2 Centre de Recherche Astrophysique de Lyon, Université Lyon 1, France

     Recent advances in microscope technology combined with powerful computers now provide outstanding images (3D, time-lapse, multichannel, fluorescence), allowing one to address fundamental questions in developmental biology, molecular biology and neuroscience. The analysis of this unprecedented flow of imaging data requires the development of specific software tools to numerically reconstruct images and to automatically perform segmentation, quantification and tracking of structures of interest. This has led to the emergence of a new field of research, “bioimage informatics” which aims to develop computational procedures to process, analyze, and visualize light microscopy images.Here, we report our experience in the development of open-source software tools. These tools are written as Java plugins for the popular open-source software suites: ImageJ, Fiji or Icy. We address the following topics with are common problems in computational bioimaging: the 3D microscopy deconvolution, the directional image analysis for detecting filament-like structure, the deformable model (snake) for segmentation, and the tracking of bright spots in noisy images.

       Quatre équipes de recherche en biologie ayant utilisé les compétences et outils de la plateforme pour l’analyse d’images / Four biology research teams that used the platform's skills and tools for image analysis: F. Bost (C3M), F. Degraeve (iBV), C. Rovere (IPMC), P. Therond (iBV)

      De la base de donnée d’images mutualisée UCA (S. Benaicha, F. Bekkouche) : la base de données Omero (S. Besson équipe de développement Omero, Université de Dundee), sa mise en place sur UCA, son lancement officiel, son utilisation, les ressources disponibles à l’Institut Français de Bioinformatique (C. Blanchet) / the shared image database UCA, its implementation on UCA, its official launch, its use, the resources available at the Institut Français de Bioinformatique

      De la base de données Ecotaxa (M. Picheral, IMEV) / Ecotaxa database

        Des ateliers d’outils commerciaux disponibles sur MICA : logiciels d’analyse 3D : Imaris (Bitplane), Amira (Thermo Fisher Scientific) ; une présentation du Logiciel d’analyse HCS Harmony (Perkin Elmer) et un "Forum des images" dans l'esprit de l'offre de service MICA : amenez vos images et vos questions, nous essayerons de vous proposer des schémas d'analyse  / Presentations/workshops of commercial tools available on MICA: 3D analysis software: Imaris (Bitplane), Amira (Thermo Fisher Scientific), Harmony analysis software (Perkin Elmer) and and an "Image Forum"  in the spirit of the MICA service offer: bring your images and questions, we will try to propose analysis schemes

        Programme

         Programme_Journee_2019

         

        Lieu

        Campus Sophia Tec – Amphithéatre Forum

        930 Route des Colles, BP 145

        06903 Sophia Antipolis cedex

        Accès

        Plan_Accès