Protocoles & tutoriels

Version française

Accès Omero

Chaque utilisateur Omero a un compte utilisateur avec un mot de passe personnel. Ce compte est crée par votre référent Omero qui est le responsable de la plateforme imagerie de votre institut.

Vous pouvez vous connecter à Omero par deux moyens:

- Omero web (https://omero.france-bioinformatique.fr/omero/webclient/login/), qui est l'application web d'Omero. Toutes les fonctionnalités d'Omero sont disponibles sur Omero web exceptée l'importation* des images (*transfert des images de votre ordinateur vers le serveur Omero). 

- Omero Insight, une application d'Omero à installer sur votre ordinateur. Avec Omero Insight vous trouverez toutes les fonctionnalités d'Omero y compris l'importation des images.

 

Installation de l'application Omero Insight (Protocole (PDF) / Vidéo (MP4)

 

Importation d'images dans Omero avec l'application Omero Insight (Vidéo (MP4)) :

Omero utilise la librairie Bioformat qui supporte plus de 150 formats différents (voir la liste des formats). Bioformat est la librairie utilisée par ImageJ/Fiji.

 

Classifier et Annoter les images

Dans l'onglet "Explore" d'Omero il est possible d'organiser les images selon deux niveaux de classification; "project" et "dataset". Pour chaque image il est possible de faire une description détaillée. Dans l'onglet "général" plusieurs champs d'annotations sont prévus à cet effet ;  name/ description/ rating/ tags/ key values/ attachments/ comments. L'ensemble des annotations peuvent être utilisées pour faire des recherches ciblées d'images. Dans l'onglet "Tags" il est possible de classer les tags en "tag set". Toutes les images taguées seront répertoriées à la fois dans l'onglet "Explore" (par projet/dataset) mais aussi dans l'onglet "Tags".

--> Vidéo "Annotation des images avec les tags"(MP4) 

--> Vidéo "Exemples d'ontologies de classification des images, et d'organisation des tags"(MP4)

 

Créer des figures scientifiques

Le plugin Omero figure vous permettra de créer facilement votre figure scientifique avec vos images importées sur Omero.  Testé et approuvé par de nombreux chercheurs, le plugin propose toutes les fonctionnalités nécessaires pour le montage des figures. 

-->Vidéo "Comment créer des figures scientifiques avec les images importées dans Omero"(MP4) 

 

Exportation des images d'Omero vers votre ordinateur

L'export des images dont la taille est inférieure à 1GO peut se faire avec Omero Web. Il est possible d'exporter votre images sous différents formats (Original Format, TiFF, PNG, JPEG, OME-TiFF). Le format OME-TiFF permet d'exporter votre image sans compression, avec toutes les métadonnées liées à l'image, que sont les métadonnées d’acquisition et les annotations faites sur Omero. Si ultérieurement vous avez besoin de repartager vos images sur Omero, avec le format OME-TiFF vous retrouverez toutes les annotations de l'image. Pensez donc au format OME-TiFF pour archiver vos projets.
Lorsque l'image à exporter est supérieur à 1GO, il est nécessaire d'utiliser l'application Omero Insight. Avec Omero Insight il est possible d'exporter intégralement votre image sous les différents formats cités précédemment. Il est également possible d'utiliser le scripte "Batch Image export" disponible sur Omero Insight. Le script vous donne la possibilité d'exporter plusieurs images à la fois et vous permet aussi de paramétrer votre export (Choix des channels/ Section Z/ Time point).

Analyser des images stockées sur Omero à partir d'Image J : plugin Omero

A installer dans imageJ\plugins


English version

Access Omero

Each Omero user has a user account with a personal password. This account is created by your Omero referent, who is the manager of the imaging platform of your institute.

You can connect to Omero in two ways:

- Omero web (https://omero.france-bioinformatique.fr/omero/webclient/login/) is the web application of Omero. All the features of Omero are available on Omero web except  importing images (= transfer images from your computer to the Omero server).

- Omero Insight, an Omero application to install on your computer. With Omero Insight you will find all the features of Omero including importing images.

 

Installing the Omero Insight Application (Protocol (PDF) / Video (MP4))


Importing images into Omero  (Video (MP4)):

Omero uses the Bioformat library which includes more than 150 different formats (see the list of formats). Bioformat is the library used by ImageJ / Fiji.

 

Classify and Annotate images

In the "Explore" tab of Omero, you can organize your images according projects and datasets. For each image it is possible to make a detailed description. In the "General" tab, there are several annotation fields; name/description/rating/tags/key values/attachments/comments.  All annotations can be used to searche images. In the tab "Tags" it is possible to classify the tags in "tag set". All tagged images will be listed  both in the "Explore" tab (by project / dataset) and in the "Tags" tab.

-> Video "Annotating images with tags" (MP4)

-> Video "Examples of image classification, and tag organization" (MP4)

 

Create scientific figures

The Omero figure plugin will allow you to easily create your scientific figure with your images imported on Omero. Tested and approved by many researchers, the plugin offers all the necessary features to create your figures.

-> Video "How to create scientific figures on Omero" (MP4)

 

Exporting your images from Omero to your computer

You can use Omero Web to export small Images (<1GO). You can export your images in different formats (Original Format, TiFF, PNG, JPEG, OME-TiFF). The OME-TiFF format allows to export your image without compression, with all the metadata of the image, which includes the acquisition metadata and the annotations added on Omero. If later you need to reshare your images on Omero, with the format OME-TiFF you will find all the annotations of the image. So the ome-tiff format is convenient for archiving projects.


To export big images (>1GO), you need to use the Omero Insight application. With Omero Insight it is possible to fully export your image in  different formats. It is also possible to use the "Batch Image export" script available on Omero Insight. With this script you can export several images at once and also you can set your export (choice of channels / z section  / time point).

 

Using Fiji/ImageJ with Omero

 Download  Bio-formats plugin  and Omero-ImageJ plugin
 Then you can open and analyse your image stored in Omero directly from ImageJ/Fiji.